生物芯片閱讀儀是生物芯片能否得到廣泛應用的重要儀器。通過生物芯片閱讀儀可以將芯片上測定的結果轉變成可供分析處理的圖像數據，正確、有效的獲取芯片上的生物信息。目前的生物芯片閱讀儀主要有兩種：CCD系統生物芯片閱讀儀和激光共聚焦生物芯片閱讀儀。主要組成部分的功能及作用：
①X向電機、Y向電機、X驅動器、Y驅動器及絲杠等組成掃描工作臺，采取的掃描方式是：光源固定即光束保持不變、熒光探測器固定、掃描工作臺按一定規律移動的掃描方式。這種掃描方式被稱為物體掃描，其優點是軸線平直，光路穩定，可以實現大面積的掃描。簡言之，本儀器就是利用光電倍增管對點像探測結合高速XY掃描實現對生物芯片信息的大量獲取。所以工作臺系統和熒光信號接收系統都很重要。掃描承片臺可放置25mm*75mm的標準樣片。
②激光器、窄帶濾光片和二色分光鏡等組成激光共聚焦光路；光源是兩個激光器，分別用于激發cy3和cy5兩種熒光染料，掃描時可以選擇適當的激光器功率，也可以通過兩個快門選擇激光束。
③光電倍增管作為熒光信號探測器，可用來探測芯片發出的熒光信號，其增益可選。
④計算機用于處理和分析光電探測器探測到的熒光信號并合成圖像。
該儀器用戶可定義的掃描面積是22mm*70mm；掃描分辨率是5~100μm；靈敏度是0.2熒光分子/μm2；用戶可以看到芯片掃描圖像（TIFF圖像或BMP圖像），并可得到以Excel方式輸出圖像數據分析結果。
